X cố ý không chứa đặc tả về giao diện người dùng của ứng dụng, chẳng hạn các nút (button), trình đơn (menu), thanh tên cửa sổ (window title bar). Thay vào đó, các chi tiết được cung cấp/xác định bởi các phần mềm người dùng, chẳng hạn các chương trình quản lý cửa sổ (window manager), các bộ công cụ điều khiển giao diện đồ họa (GUI widget toolkit) và các môi trường mặt bàn (desktop environment), hoặc các giao diện đồ họa đặc thù của chương trình ứng dụng, như phần mềm tính hóa đơn bán hàng thường thấy trong siêu thị hay các cửa hiệu lớn. Chính vì vậy mà trong những năm qua, giao diện đặc thù của X đã biến đổi rất nhiều.

Chương trình quản lý cửa sổ là điều hành sự bố trí và hình thức của các cửa sổ ứng dụng. Nó có thể có giao diện gần giống giao diện tương ứng của Microsoft Windows, hoặc của Macintosh (ví dụ Kwin trong KDE và Metacity trong GNOME), hoặc có thể có giao diện khác hẳn, chẳng hạn quản lý cửa sổ theo kiểu lát gạch (tiling window manager). Trình quản lý cửa sổ có thể là một phần mềm rất cơ bản chỉ bao gồm những bộ phận chủ chốt (ví dụ như twn - bộ quản lý cửa sổ cơ bản được cung cấp kèm theo X) hoặc là một phần mềm cung cấp nhiều chức năng gần như một môi trường mặt bàn toàn phần (thí dụ Enlightenment).

Rất nhiều người dùng sử dụng X với môi trường mặt bàn toàn phần, trong đó bao gồm một trình quản lý cửa sổ, nhiều chương trình ứng dụng khác nhau và một giao diện nhất quán. GNOME và KDE là những môi trường mặt bàn được nhiều người ưa chuộng. Môi trường chuẩn Unix là Môi trường mặt bàn chung (Common Desktop Environment - viết tắt là CDE).

Tổ chức freedesktop.org (The freedesktop.org initiative) đã đề xuất khả năng tương tác giữa các giao diện mặt bàn và những thành phần phần mềm cần thiết cho một giao diện mặt bàn X có khả năng cạnh tranh cao.